Pierwsza nazwa grodu "Nakieł" oznaczała miejsce, w którym można było założyć czółno "na kieł" (tj. na słupy porozmieszczane wzdłuż brzegu rzeki) i zamocować na tamtejszym podmokłym terenie.
Już w XI w. Nakło było ważnym grodem warownym. W 1109 r. zostało zdobyte przez Bolesława Krzywoustego, ale cały obszar Krajny znalazł się w polskich granicach dopiero w latach 1119-1120. W 1299 r. Władysław Łokietek nadał prawa budowania miasta przy grodzie.
Ze względu na swoje przygraniczne położenie posiada stolica Krajny burzliwa historię. Sąsiedztwo Zakonu Krzyżackiego oraz ziem zagarniętych przez Brandenburgię sprawiło, że był to teren trapiony licznymi zawieruchami wojennymi. Wielokrotnie niszczyli i łupili gród Krzyżacy. Mimo to rozwijało się wówczas osadnictwo i szczególnie za czasów Kazimierza Wielkiego, postęp gospodarczy.
W XVI i XVVII w. nastąpił upadek miasta spowodowany pożarami, wojnami szwedzkimi, a także zarazą.
W latach 70-tych XVIII wieku zaczęto tu budować Kanał Bydgoski, a II poł. XIX w. kolej z Berlina do Bydgoszczy, a także pierwsze zakłady przemysłowe (cukrownia, rzeźnia). Ciągłość rządów pruskich przerwał krótki epilog wolnościowy, kiedy to Krajana weszła w skład utworzonego przez Napoleona Wielkiego Księstwa Warszawskiego (
1807 r.).
Ponuro zapisała się w dziejach miasta i okolic okupacja hitlerowska. W rejonie dawnej żwirowni w Paterku i na polach w Polichnie miały miejsce liczne egzekucje. Wielu mieszkańców zostało wywiezionych do obozów koncentracyjnych i na przymusowe roboty do Niemiec. Po walkach toczonych od 22 do 26 stycznia 1945 r. miasto zdobyły oddziały 47 armii I Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej.
Po II wojnie światowej rozbudowane, zwiększyło zaludnienie prawie dwukrotnie, mimo wyłączenia w 1969 r. 14 km terenów. Do 1975 roku Nakło było w powiecie wyrzyskim, w województwie bydgoskim. W 1990 roku 27 maja przeprowadzono w gminie, pierwsze po II wojnie światowej demokratyczne wybory do Rady Gminy Nakło nad Notecią. Od tej pory datuje się powstanie samorządu terytorialnego III Rzeczpospolitej.
Nastawione na prorozwojowe podejście władze samorządowe rozpoczęły działania ukierunkowane na wszechstronny rozwój miasta i terenów wiejskich gminy na płaszczyźnie społecznej, gospodarczej i administracyjnej. Od 1992 roku rozpoczęto proces prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych, w wyniku, którego utworzone zostały podmioty w postaci spółek z ograniczoną odpowiedzialnością, jednostek i zakładów budżetowych zajmujących się m.in. usługami komunalnymi.
Nakło aktywnie włączało się w życie polityczne kraju. Zorganizowano i przeprowadzono meetingi przedwyborcze: - w 1995 roku prezydencki z udziałem kandydatów ubiegających się o fotel prezydencki, - w 1998 roku odbył się w Nakle meeting przedwyborczy z udziałem poszczególnych sztabów wyborczych partii i ugrupowań startujących w wyborach parlamentarnych. Wyprzedzając reformę samorządową państwa w 1998 roku Nakło stało się siedzibą Nakielskiej, Miejskiej Strefy Usług Publicznych, w skład której wchodziły gminy: Mrocza, Nakło i Sadki. Strefa stała się zalążkiem do utworzenia Powiatu Nakielskiego, co miało miejsce w 1999 roku.
W 1999 roku miasto Nakło obchodziło jubileusz 700-lecia nadania praw miejskich. Obchody uświetniły imprezy okolicznościowe w tym: występ światowej sławy Chóru Chłopięcego i Męskiego Państwowej Filharmonii w Poznaniu pod dyrekcją profesora Stefana Stuligrosza Aktualnie Nakło jest siedzibą Powiatu Nakielskiego.
